海關稽查，是指海關自進出口貨物放行之日起3年內(nèi)或者在保稅貨物、減免稅進口貨物的海關監(jiān)管期限內(nèi)及其后的3年內(nèi)，對被稽查人的會計帳薄、會計憑證、報關單證以及其他有關資料和有關進出口貨物進行核查，監(jiān)督被稽查人進出口活動的真實性和合法性。
海關稽查并不以企業(yè)違法為前提
海關對從事進出口活動的企業(yè)，進行稽查是海關監(jiān)督進出口活動的真實性和合法性的一項法定職權(quán)，并不代表被稽查人存在違法情事。稽查過程實際上也就是對企業(yè)進出口貿(mào)易行為的全面體檢，幫助企業(yè)規(guī)范內(nèi)部管理，從而更加規(guī)范和高效率的從事進出口活動。
以常規(guī)稽查的對象選取為例，年度常規(guī)稽查中就有超過3年未實施稽查或核查的企業(yè)。
與進出口活動直接有關的企業(yè)≠ 直接從事進出口活動的企業(yè)
比如，一些企業(yè)自身并沒有直接進口減免稅貨物，只是通過報關企業(yè)代理進口，但作為減免稅進口貨物的使用單位，仍然屬于《稽查條例》規(guī)定的被稽查人范圍，海關可以對其開展稽查，適用海關稽查程序。
此外，有些沒有直接進出口活動的企業(yè)，如果與被稽查人有財務往來或者其他商務往來，海關也可以根據(jù)《稽查條例》規(guī)定不制作《稽查通知書》，直接對該企業(yè)進行一般性的查詢、調(diào)取單證和資料。這一類企業(yè)也應當向海關如實反映被稽查人的有關情況，提供有關資料和證明材料。
實施稽查的對象包括哪些?
一是從事對外貿(mào)易的企業(yè)、單位;二是從事對外加工貿(mào)易的企業(yè);三是經(jīng)營保稅業(yè)務的企業(yè);四是使用或者經(jīng)營減免稅進口貨物的企業(yè)、單位;五是從事報關業(yè)務的企業(yè);六是海關總署規(guī)定的從事與進出口活動直接有關的其他企業(yè)、單位。
海關稽查是海關后續(xù)監(jiān)管的主要力量
6月1日起全國通關一體化改革在上海率先啟動試點。此次改革試點實施“一次申報、分步處置”的通關管理模式，企業(yè)可一次性辦理貨物申報納稅手續(xù)，海關第一步在口岸確定是否查驗，排除安全準入風險后，貨物可先予放行，海關第二步開展涉稅申報要素批量審核，通過稽核查等手段監(jiān)督稅收入庫。
全國通關一體化全面實現(xiàn)后，企業(yè)可以任意選取一個海關進行申報，并自報、自繳稅款，通過海關的安全準入風險排查后，貨物即可在口岸放行，海關在放行后實施報關單批量審核、后續(xù)稽核查等。

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